วันมูหะมัดนอร์ มะทา เริ่มรับราชการครูและได้รับตำแหน่งเป็นครูใหญ่ โรงเรียนอัตตรกียะห์ อิสลามมียะห์ จังหวัดนราธิวาส ตั้งแต่อายุเพียง 20 ปี ต่อมาในปี พ.ศ. 2512 ได้ย้ายมาเป็นอาจารย์ประจำวิทยาลัยครูสงขลา (ปัจจุบันมหาวิทยาลัยราชภัฏสงขลา) ปี พ.ศ. 2518 เป็นอาจารย์คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ สงขลา (ปัจจุบันมหาวิทยาลัยทักษิณ) และเป็นอาจารย์พิเศษ คณะศึกษาศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์พร้อมกันด้วย จากนั้นในปี พ.ศ. 2521 ได้รับตำแหน่งรองอธิการบดี วิทยาลัยครูสงขลา